처음 설치할 경우 MoniSetup을 이용해서 config.php를 만들게 된다.
여기서 가장 중요한 것은 $url_prefix를 고치는 것이다. 이 값은 초기에 자동으로 설정되며,
이 값을 제대로 지정하면 MoniSetup에서 다음과 같은 로고 그림을 볼 수 있다.
처음 실행하면 monisetup.php가 자동으로 뜨며 자신의 환경에 맞는 config.php를 가 만들어진다.
다시 monisetup.php를 열면 필요한 몇몇 디렉토리가 만들어진다.
MoniWiki를 처음 설치할 경우는 WikiSeed를 심을것인지를 선택한다.
씨앗을 심는 경우는 불필요한 페이지가 들어갈 수 있는데, 어느정도 익숙해졌다고 생각되면 지워도 되며, 아예 처음부터 설치하지 않아도 된다.
그러나 초보사용자라면 SystemPages는 반드시 설치하는 것을 권장한다.