MoniWiki는 `config.php`에 있는 설정을 입맛에 맛게 고칠 수 있다. config.php는 MoniWiki본체 프로그램에 의해 `include`되므로 PHP의 include_path변수로 설정된 어느 디렉토리에 위치할 수도 있다. 특별한 경우가 아니라면 MoniWiki가 설치된 디렉토리에 config.php가 있을것이다.
== Security 설정 ==
config.php에 $security_class="needtologin";를 추가하면 로그인 하지 않은 사람은 위키 페이지를 고칠 수 없게 된다. 로그인을 하지 않고 편집을 하려고 하면 경고 메시지와 함께, 가입을 종용하는 간단한 안내가 나온다.

See MoniWiki/SecurityPlugin

== 대문 및 로고(혹은 배너) 설정 ==
메뉴의 대문(FrontPage)및 로고 그림이 연결하고 있는 페이지는 config.php의 다음 변수를 설정한다.
 * $frontpage='FrontPage';
 * $logo_page=$frontpage;
위의 값은 기본 값이며, 각각 다르게 설정할 수 있다.
 * $logo_string과 $logo_img
$logo_img를 간단히 조정하거나, $logo_string을 통해서 미세한 조정을 할 수 있다.
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/!\ wiki.php에 정의되어 있는 WikiDB 클래스를 보면, 우선 하드코딩된 기본 설정이 있고, config.php에서 읽은 설정 사항을 덧씌운다. 

/!\ monisetup.php은 config.php를 변경할 수 있으나, 간단한 변경만 지원하고 세세한 변경은 지원하지 않는다. 예를 들어, config.php에 여러줄 설정을 넣거나 array를 넣거나 하기 위해서는 직접 config.php를 고쳐야 한다.
== 기타 설정 가능한 것 ==
 * $kbd_script='';로 지정하면 HotKeys를 쓰지 않는다.
 * $hr='';로 지정하면, 페이지 상단의 <hr />과 하단의 <hr />이 출력되지 않는다.
== 메뉴 설정 ==
config.php에서 $menu, $icon, $icons를 설정할 수 있습니다.
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See also:
 * MoniWikiOptions
 * MoniWikiMarkets
 * MoniWikiTips
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